La tecnología corresponde a un **nuevo test diagnóstico para detección de SARS-CoV-** 2 de mayor sensibilidad que la mayoría de los test comerciales utilizados actualmente, por lo que tiene mejor desempeño en muestras con resultados indeterminados o negativos con alta sospecha clínica de Covid-19. El prototipo optimizado comprende un **test One Step RT-PCR nested con sonda fluorofora intercalante que utiliza el gen helicasa 103pb como target**. Se informa además la posibilidad de utilizar test Two-step RT-PCR sin sonda en un tubo único, sobre los genes ORF1a y Helicasa, sin embargo, esta variación requiere añadir un nucleótido modificado o Locker Nucleic Acid (LNA) para alcanzar la Temperatura de annealing dual que se requiere para favorecer la amplificación outer y luego la inner. Alternativamente se propone una versión low-cost del test, utilizando PCR Nested convencional (binario en gel de agarosa) , orientado a laboratorios que no poseen un equipo termociclador de tiempo real. Se propone además un **protocolo optimizado para la operación del test diagnóstico** que comprende la adaptación del equipo Qiatube semi-automático a columnas E.Z.N.A que permiten reducir hasta un 80% del costo por test, considerando kits comerciales como Allplex®️. Finalmente, se trabaja en la optimización de **un algortimo de detección** basado en análisis de datos de resultados informados a GISAID y que han sido compiladas en una base de datos abierta gestionada por Biblioteca Central UdeC. Esta nueva metodología analiza regiones genéticas conservadas del virus entre las distintas variantes circulantes en Chile (depositadas en GISAID entre 2020 y 2021), además de implementar la tecnología Nested para la amplificación dual de material genético, con lo que se asegura la disminución considerable de resultados indeterminados. Esto permite reducir la incertidumbre de pacientes sospechosos, permitiendo pesquisar en una sola medición al virus. Los Genes target utilizados son Orf1a (346pb), S (493pb) y Helicasa (103pb) y los partidores Nested consideran pares de partidores Outer para RT-PCR convencional y pares de partidores inner RT-PCR a tiempo real. El gen Helicasa es descrito como aquel con mayor conservación y menor frecuencia de mutación (<0,2%) entre las secuencias analizadas de GISAID, por lo que se define el prototipo de mayor sensibilidad y costo-eficiencia con este gen.

Qué problema resuelve esta capacidad

El SARS-COV-2 pertenece al género Betacoronavirus, la secuencia del genoma comparte ∼96% de homología con el genoma RaTG13 del coronavirus del murciélago, ∼80% con el SARS-CoV y ∼50% con el (MERS-CoV. El genoma del SARS-Co-V-2 consiste en un RNA largo de una sola hebra de sentido positivo compuesto de 30,000 nucleótidos en longitud con un número variable de Open Reading Frames (ORFs). Cerca de dos tercios del genoma total está en el ORF1a/b que translate dos grandes poliproteínas PP1a y PP1ab. El resto de los ORF están en un tercio del genoma y codifican 4 de las principales proteínas estructurales: Spike, (S), Envoltura (E), Nucleocapside (N), y Membrane (M). El diagnóstico más utilizado para la detección temprana del COVID-19 es molecular mediante RT-PCR. Sin embargo, hay otros test moleculares que podrían ser útiles como Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) y CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) que aún no tienen suficiente validación clínica. Las guías interinas de la OMS de marzo del 2020 recomendaban que para confirmar casos sospechosos en áreas con poca circulación del virus, era necesario utilizar al menos dos genes target. Sin embargo, ahora que la pandemia está ampliamente difundida, es posible diagnosticar con un único, distintivo gen target. Los test RT-PCR a tiempo real, son considerados como el gold standard para la detección del SARS-CoV2. La mayoría de los test comerciales y los in-house o desarrollados en el laboratorio (LDTs) aparecieron rápidamente haciendo uso de los EUA. Es por eso que muchos kits comerciales así aprobados, tienen limitaciones técnicas y algunos cuentan solo con limitada validación analítica y carecen de validación clínica. No es de extrañar que son cuestionados por dar resultados negativos en pacientes altamente sospechosos de tener la enfermedad, ya sea por presentación clínica y antecedentes de exposición. Además hay factores pre-analíticos y analíticos que contribuyen a obtener diagnósticos poco confiables como procedimientos incorrectos de toma de muestra, fallas en el transporte y almacenamiento de las muestras, calificación del personal, uso de ensayos inadecuados y fallas en los equipos. Finalmente, otra consideración de importancia es el elevado costo de los test moleculares. Debido a todas estas razones, la eficacia de los test RT-PCR comerciales adolece de fallas en sensibilidad y especificidad y es necesario contar con mejores test diagnóstico para Covid-19. Existen más de 600 test moleculares para diagnóstico de SARS-CoV-2 (según registros FIND, WHO) debido a la fácil aprobación otorgada por los EUA (emergency use authorization). La mayoría de los test se basan en la tecnología One-step RT-PCR a tiempo real y utilizan como mínimo dos regiones del virus para establecer un diagnóstico, sin embargo aún así pueden . Generalmente se utiliza la región E del genoma para establecer un screening, confirmándose posteriormentecon la detección de la región RdRp y/o proteína N. Todo el proceso, desde la extracción de adn de la muestra de raspado nasofaríngeo hasta la amplificación mediante PCR, se realiza con test comerciales.

Cuáles son las ventajas competitivas de esta capacidad

Alta sensibilidad Disminuye incidencia de resultados indeterminados No se ve influenciado por quiebres de stock de reactivos o kit diagnósticos comerciales Versatil, adptable a distintas condiciones de laboratorio y equipamiento.

Qué más deberías saber sobre esta capacidad

TRL 3